Η Δ.Ε. Μαργαριτίου του Δήμου Ηγουμενίτσας αποτελείται από τις εξής τοπικές κοινότητες: 1)T.K. Ελευθερίου 2) Τ.Κ. Καρτερίου 3) Τ.Κ. Καταβόθρας 4) Τ.Κ. Μαζαρακιάς 5) Τ.Κ. Μαργαριτίου 6) Τ.Κ. Μεσοβουνίου και 7) Τ.Κ. Σπαθαραίων.
Η έκταση της Δ.Ε. Μαργαριτίου είναι 141χλμ. και έχει συνολικό πληθυσμό 3.302 κατοίκους.
Η Τ.Κ. Μαργαριτίου είναι χτισμένη νοτιοδυτικά της Π.Ε. Θεσπρωτίας σε μεγάλο τμήμα του οροπεδίου της, στην περιοχή της Αρχαίας Ελεάτιδας. Το ιστορικό παρελθόν του Μαργαριτίου είναι αδιαμφισβήτητο, έχοντας πολλά μνημεία που το αποδεικνύουν (αρχαίοι τάφοι, νομίσματα κλπ.), ενώ το ερειπωμένο κάστρο του μαρτυρεί την παλιά πολυτέλεια και ακμή του οικισμού. Η ομορφιά των ελών, που δημιουργούνται στην περιοχή, όπως αυτό του Καλοδικίου (προστατευόμενος υδροβιότοπος) του προσδίδουν μια ιδιαίτερη φυσική ομορφιά.
Το Καρτέρι είναι ορεινό χωριό που βρίσκεται βορειοδυτικά του Μαργαριτίου σε υψόμετρο 160 μ.. Το 1928 αριθμούσε 123 κατοίκους ενώ στην απογραφή του 2001 301 κατοίκους. Παλαιότερη ονομασία του χωριού ήταν Καρτέρεζα ή Καρτέριζα και πολύ παλαιότερα Σμοκοβίνα.
Η Καταβόθρα, πρώην Λιγοράτιον, είναι χωριό που βρίσκεται νότια της Ηγουμενίτσας κοντά στο Μαργαρίτι. Από το 1930 έχει δημοτικό σχολείο και ταχυδρομικό γραφείο. Πρόκειται για χωριό κάτω από την αρχαία Ντόμπρα. Μετά την καταστροφή της Ντόμπρας το 1562 από τους πειρατές, μερικοί από τους κατοίκους της, κατέβηκαν στην Καταβόθρα.
Η Μαζαρακία είναι χωριό που βρίσκεται νότια της Ηγουμενίτσας και βόρεια του Μαργαριτίου. Ο πλυθησμός της το 1928 ήταν 1209 κάτοικοι ενώ το 2001 μειώθηκε σε 525 κατοίκους. Στο βόρειο μέρος μιας ράχης (στη θέση Παλιόκαστρο) που υψώνεται ανάμεσα στα σημερινά χωριά Μαζαρακιά και Μεσοβούνι, έχουν εντοπιστεί ερείπια αρχαίου περιτειχισμένου οικισμού.
Το Μεσοβούνι είναι χωριό που βρίσκεται νοτιοανατολικά της Ηγουμενίτσας και βορειοανατολικά του Μαργαριτίου .Ο πληθυσμός του το 2001 αριθμούσε 207 κατοίκους. Έχει υψόμετρο 303 μέτρα από την επιφάνεια της θάλασσας. Ανάμεσα στα σημερινά χωριά Μεσοβούνι και Μαζαρακιά (στη θέση “Παλαιόκαστρον”) σώζονται τα ερείπια αρχαίου περιτειχισμένου οικισμού (των ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων).
Το Ελευθέρι (ή Ελευθέριον) είναι ένα μικρό ορεινό χωρίο που αποτελεί Τοπική Κοινότητα της Δ.Ε. Μαργαριτίου. Ο πληθυσμός του το 2001 αριθμούσε 268 κατοίκους. Το Ελευθέρι μαζί με τον οικισμό Πυργί απαριθμούν 350 κατοίκους.
Δεξιά της Ε.Ο Ηγουμενίτσας –Πρέβεζας στη διασταύρωση που οδηγεί προς Ελευθέρι σώζεται πολυγωνικό κτίριο με σημαντική αρχαιολογική αξία, γνωστό με την ονομασία “Πυργί” με διαστάσεις 15Χ10 μ. , κατασκευασμένο με γωνιόλιθους σύμφωνα με το πολυγωνικό σύστημα τοιχοποιίας. Ο τρόπος δόμησης παρουσιάζει πολλές ομοιότητες με αυτόν του νεκρομαντείου και πρόκειται πιθανόν για πύργο ή φρυκτωρία των Ελληνιστικών χρόνων .
Οι Σπαθαραίοι (Σπαθαράτι) είναι ορεινό χωριό του Δήμου Ηγουμενίτσας, που βρίσκεται 11 χλμ. νοτιοανατολικά του Μαργαριτίου σε υψόμετρο 130μ. Ο πληθυσμός του το 1971 ήταν 227 κάτοικοι , ενώ το 2001 147 κάτοικοι. Το σημερινό χωριό χτίστηκε μετά το 1870 γύρω από το μοναστήρι της Αγίας Τριάδας. Το παλιό χωριό Σπαθαράτες καταστράφηκε από τους Τούρκους.